L'unificazione spagnola non era avvenuta in maniera reale ed omogenea, infatti i diversi regni (Castiglia, Aragona) continuavano ad avere amministrazioni, bilanci ecc. diversi. Il re aveva ridotto il potere delle cortes castigliane ma era costretto a lunghe trattative per ottenere sussidi dai vari regni.
Il sovrano Filippo III, che regnò ai primi del SEICENTO, era una nullità, perciò non riuscì a governare di persona, delegando il potere al duca di Lerma. Anche Filippo IV si dimostrò incapace di governare e delegò il potere ad un consigliere molto capace, il conte duca di Olivares che cercò di affrontare i molteplici problemi spagnoli, economici, fiscali ed istituzionali, ma la situazione della Spagna era tragica. Si registrarono in questo periodo le prime rivolte contro il governo centrale nella Catalogna, nella Castiglia, proprio mentre la Spagna veniva coinvolta nella GUERRA DEI 30 ANNI.
L'esito fu catastrofico, mentre la Spagna si trovò a fronteggiare una terza rivoluzione nel Regno di Napoli. Questa rivoluzione vide in prima fila i ceti popolari (contadini) che erano stati i più danneggiati dalla politica spagnola; infatti erano costretti a pagare tasse e gabelle molto elevate ed il ceto baronale li opprimeva a sua volta.
La rivolta, nata a Napoli, contro l'imposizione di una nuova gabella e guidata dal popolano MASANIELLO si estese in tutto il regno e culminò con la proclamazione della repubblica. Il governo napoletano cercò di ottenere aiuti dalla Francia, che furono però esigui, e permise all'esercito spagnolo di riconquistare Napoli (aprile 1648).
Nello stesso anno Madrid dovette rinunciare ad ogni pretesa sull'Olanda e la guerra con la Francia le costò un'altra provincia fiamminga. Dopo il fallimento di Olivares di istituire un sistema politico accentratore, il re rinunciò a questo programma. La Spagna si avviava ad una grave situazione di crisi economica e politica. Filippo IV morendo lasciò il trono ad un bimbo di 5 anni, Carlo II. La sorella Maria Teresa aveva sposato il re di Francia Luigi XIV ; il contratto matrimoniale prevedeva la rinuncia di Maria Teresa al diritto di successione sui possessi spagnoli. Ma già nel 1690 si pose il problema su cosa sarebbe accaduto alla morte di Carlo II, ultimo asburgo spagnolo, senza figli e malato.
Durante il dominio spagnolo in Italia soltanto Venezia restò autonoma, riuscendo a difendere i possessi mediterranei; ma nel 1669 dovette rinunciare a Creta anche se poi riuscì a togliere ai Turchi il Peloponneso. Anche i duchi di Savoia tentarono nel corso del '600 di prendere iniziative indipendenti dalla Spagna.
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